嗨，玛丽亚，JR通票几乎可以在所有的火车上使用。你可以在新干线、区域列车和一些慢车上使用它。你说对了，山手线是东京的一条绿色环线。它由火车运营，可以与JR通票一起使用。但是，你不能使用JR通票乘坐地铁。您需要购买当天的单程票，或者您可以获得Pasmo卡，这是一种可充值的塑料卡，上面有预付的金额。在东京周边更容易使用。
安全的旅行!